Nakon Sarajeva i Zenice, 1995. godine otvoren je i Katolički školski centar „Sveti Franjo“ u Tuzli. Odlukom od 23. srpnja 1995. godine Vrhbosanska nadbiskupija je osnovala Gimnaziju u sklopu Katoličkog školskog centra. Međutim, zgrada Klostera se nije mogla renovirati tako da je Gimnazija započela s radom u iznajmljenim prostorijama i to najprije Osnovne škole „Pazar“ (od 1995. do 1997. godine) i Mješovite srednje Mašinske škole Tuzla (od 1997. do 2001. godine). Nastava je počela 6. studenog 1995. godine u Osnovnoj školi „Pazar“ gdje je Gimnazija imala pravo korištenja dvije učionice i sportske dvorane za upisana tri odjela prvog razreda i jedan odjel drugog razreda.

Prvim ravnateljem je imenovan fra Mladen Jozić, zamjenicom ravnatelja s. Kristijana Jurić, dok je za direktoricu Gimnazije imenovana Marica Petrović.

Budući da se broj učenika povećavao, Ministarstvo obrazovanja Tuzlanske županije je ponudilo Gimnaziji mogućnost prelaska u Mješovitu srednju Mašinsku školu gdje bi se nastava mogla odvijati u jednoj smjeni. Stoga se 1997. godine Gimnazija seli u prostorije Mašinske škole, gdje ostaje do prelaska u novoizgrađenu zgradu  Centra u Klosterskoj ulici.

Godine 2001. je završena zgrada Centra na temeljima Klostera i tada počinje s radom i Osnovna škola.

Danas je Katolički školski centar „Sveti Franjo“ priznata ustanova koja djeluje, ne samo na planu odgoja i obrazovanja, što je prvotna zadaća ovoga Centra nego i na ostalim kulturnim, umjetničkim, sportskim događanjima u gradi i regiji koji su u službi oplemenjivanja čovjeka.